Pada tahun 1958 berdiri sekolah swasta berjenjang SMP dengan nama SMP Muhammadiyah Cangkringan yang sekarang dikenal dengan nama SMP Muhammadiyah Ngemplak. Saat itu para tokoh Muhammadiyah memiliki gagasan untuk mendirikan sekolah yang memadai dan berkualitas yang berlokasi di Kliwang, Argomulyo, Cangkringan, Sleman dengan bangunan yang terdiri dari 9 rumah warga. Awal mula didirikan sekolah ini menginduk pada SMP Muhammadiyah Yogyakarta dan memiliki siswa angkatan pertama sebanyak 20 siswa. Setelah 3 tahun berdiri SMP Muhammadiyah Cangkringan berhasil meluluskan 10 siswa yang saat itu diketahui bahwa lulus sekolah memiliki tingkat kesulitan yang tinggi. Sejak saat itu SMP Muhammadiyah Cangkringan menjadi populer dan banyak diminati oleh masyarakat. Seiring berjalannya waktu jumlah siswa semakin meningkat menyebabkan kurangnya jumlah ruang, maka pengurus berinisiasi melakukan pengajuan surat permohonan lahan untuk sekolah di wilayah Cangkringan yaitu di Dusun Kuwang. Namun, tidak dikabulkan oleh DPR Argomulyo. Selanjutnya, pengurus melukukan pengajuan permohonan lahan bekas pabrik di Banjarharjo, Bimomartani, Ngemplak, Sleman kepada Pakualam di Kepatihan atas dasar rekomendasi dari Lurah Argomulyo. Setelah melalui berbagai prosedur permohonan lahan di Kepatihan dan dibantu oleh para perwakilan dari organisasi Muhammadiyah maka disetujuilah SMP Muhammadiyah Cangkringan menempati lahan di Banjarharjo, Bimomartani, Ngemplak, Sleman. Proses pembangunan gedung sekolah dibuat sebanyak 3 ruang kelas dengan gotong royong oleh seluruh warga sekolah termasuk para siswa.
SMP Muhammadiyah Cangkringan disahkan secara resmi dengan adanya surat keputusan izin pendirian sekolah pada 08 April 1968 dengan nama SMP Muhammadiyah Cangkringan. Sekolah ini telah memiliki surat keputusan izin operasional pada 2 Agustus 1986. Kemudian sekolah berubah nama menjadi SMP Muhammadiyah Ngemplak karena berdomisili di kapanewon Ngemplak, Sleman. Adapun kepemimpinan kepala sekolah adalah sebagai berikut:
- Sutrisno, BA. (1958-1960)
- Ngatimin, BA. (1960-1964)
- Marsum (1964-1975)
- Sumardi (1975-1992)
- Dra. Masirah (1992-2008)
- M. Jarun Anwar, S.Ag (2008-2009)
- Linggar Pramesti, S.Pd. (Plt 2009)
- Dra. Masirah (2009 – 2010)
- Rusmiyati, S.Pd. (2010 – 2014)
- Eka Andriyati, S.H. (2014 – 2018)
- Fajar Nur Hayati, S.Pd. (2018 – 2021)
- Abidin Fuadi, M.Pd. (Plt 2022)
- Cahyo Nugroho, S.Pd., M.Pd. (2022 – Sekarang)